La 1098 R est dévoilée au salon de Milan 2007. Conçue afin d'homologuer la 1098 pour le championnat mondial de Superbike, la R possède un moteur de 1 198 cm³ avec des valeurs d'alésage et de course de chaque cylindre respectivement de 106 et 67,9 mm.
La puissance est portée à 180 chevaux et 13,7 mkg. Les suspensions sont signées Öhlins. Le bras oscillant est en aluminium. Le poids descend à 165 kg.

Elle inaugure un système d'antipatinage appelé DTC (Ducati Traction Control), fonctionnant avec l'échappement Termignoni vendu en option et destiné au circuit. Deux capteurs placés dans les roues analysent les variations de vitesses entre elles et coupent l'allumage le cas échéant. Le niveau de sensibilité est réglable en huit positions[1].

La 1098 R est disponible uniquement en rouge, avec des plaquages blancs entre les phares et la bulle, ainsi que sur les flancs de selle, réhaussés d'un filet doré, et des jantes Marchesini dorées. Elle est uniquement monoplace. Elle est vendue 35 000 €.