Dès son lancement, elle est secondée par la 1098 S. Celle-ci propose des suspensions Öhlins à la place de la fourche et de l'amortisseur Showa, des jantes en aluminium forgé, de silencieux d'échappement Termignoni et de diverses pièces en carbone. Le poids est en baisse de 2 kg.

La 1098S est équipée d'origine d'un système permettant d'acquérir des données sur le moteur lors d'une session sur circuit, et de les analyser sur un ordinateur, par l'intermédiaire d'une clef USB fournie.

Deux couleurs sont disponibles le rouge et le noir (ma préférée !)